Przed sezonem do klubu przybywa dwóch dobrych piłkarzy z Holandii: Dennis Bergkamp i Wim Jonk. W lidze zespół gra katastrofalnie, ostatecznie zajmując 13 lokatę. W trakcie sezonu następuje zmiana na ławce trenerskiej, Bagnoliego zastępuje Giampiero Marini. Pierwszym jego sukcesem było wyeliminowanie z Pucharu UEFA Borussi Dortmund. Inter ostatecznie zwycięża w całych rozgrywkach i sięga po drugi w historii Puchar UEFA po zwycięstwie nad Salzburgiem. Swój ostatni mecz w Interze rozgrywa Walter Zenga, który następnie żegna się z zespołem i kibicami. Nowym bramkarzem ma zostać Gianluca Pagliuca.