4. września 2006 roku po walce z chorobą zmarł Prezydent klubu i dawniej legendarny piłkarz - Giacinto Facchetti. Wiadomość ta bardzo zasmuciła wszystkich związanych z klubem. Massimo Moratti już przed sezonem powrócił na stanowisko Prezydenta Klubu, jednak nikt nie przypuszczał, że słynny "Cipe" nas opuści. Oszedł wielki piłkarz, wielka osobowość w świecie piłki a przede wszystkim wielki człowiek. Wszyscy, którzy go znali, bardzo za nim tęsknią.
Latem 2006 roku Mistrzostwo Świata zdobyła reprezentacja Włoch. Jednym z piłkarzy Interu mających udział w tym triumfie był Marco Materazzi, a także Fabio Grosso, który przeszedł do Interu po turnieju, choć został przez Inter "zaklepany" jeszcze przed jego rozpoczęciem. Jednym z najlepszych transferów tego lata okazał się Brazylijczyk Maicon, kupiony z AS Monaco.
Po aferze "Calciopoli" ze zdegradowanego do Serie B Juventusu, do Interu trafił Patrick Vieira i Zlatan Ibrahimović. Ponadto do zespołu powrócił Hernan Crespo, któremu nie wiodło się w Chelsea. Oprócz zdegradowanego Juventusu, ukarany został również Milan przez odjęcie 8 punktów, Lazio - odjęcie 3 punktów, Fiorentina - odjęcie 15 punktów, Reggina - 11 punktów oraz Siena - 1 punkt.
Na początek sezonu, Inter wygrał z Romą w meczu o Superpuchar Włoch zwyciężając w pamiętym meczu 4-3.
Dzięki bardzo dobrej grze a także osłabionej konkurencji, Inter zdecydowanie zwyciężył w lidze mając 97 punktów (najwięcej w obecnej formule rozgrywek) i aż 22 punkty przewagi nad drugą AS Romą. Milanowi, któremu odjęto 8 punktów do Interu brakowało aż 36 punktów. Był to rekord wielu rekordów pobitych przez Inter. 17 zwycięstw z rzędu to rekord we Włoszech i drugi wynik w Europie po Celticu Glasgow.
W Lidze Mistrzów i Pucharze Włoch wiedzie się nieco gorzej, ponieważ w 1/8 finału Inter odpadł w dwumeczu z Valencią i doznaje porażki z Romą w finale Pucharu Włoch. Nikt jednak zbytnio się tym nie martwi, bo Inter znów jest najlepszym włoskim klubem.