Argentyna
Zanetti został odrzucony przez młodzieżową drużynę Independiente, której był fanem, po czym podpisał kontrakt z klubem Talleres RdE grającym wówczas w drugiej lidze argentyńskiej, lecz szybko przeniósł się do drużyny Banfield grającej w Argentyńskiej Primera División.
W drużynie Banfield zadebiutował 12 września 1993 roku w meczu derbowym przeciwko River Plate. Jego pierwszy zawodowy gol na najwyższym szczeblu rozgrywek w Argentynie padł 29 września 1993 roku, a więc zaledwie 17 dni po debiucie w meczu z Newell's Old Boys (1-1). Jego bardzo dobre występy zostały zauważone przez Daniela Passarellę i w 1994 roku Zanetti otrzymał powołanie i zagrał pierwszy mecz w reprezentacji Argentyny. W tym samym roku zainteresowane Javierem były zespoły River Plate i Boca Juniors, jednak Zanetti został w Banfield, a rok później został sprowadzony do Interu Mediolan przez Massimo Morattiego. Był to jeden z pierwszych zawodników sprowadzonych do zespołu z Mediolanu przez Morattiego.
Javier Zanetti zadebiutował w zespole z Mediolanu 27 sierpnia 1995 roku w meczu przeciwko zespołowi Vicenzy Calcio. Odkąd gra w klubie zdobył w zespołem Nerazzurrich 12 tytułów: Puchar UEFA 1998, gdzie w finale zdobył piękną bramkę po strzale spoza pola karnego, Puchar Włoch 2005, 2006, 2010 Superpuchar Włoch 2005, 2006 i 2008 oraz pięć tytułów mistrza Włoch za sezony 2005/2006, 2006/2007, 2007/2008, 2008/2009 oraz 2009/2010 i najważniejsze Klubowe Mistrzostwa Świata 2010. Zdobył decydującego gola w serii rzutów karnych w meczu o Superpuchar Włoch 2008 w meczu przeciwko klubowi AS Roma.
Argentyńczyk zajmuje drugą pozycję pod względem ilości występów w Interze. Wyprzedza go tylko Giuseppe Bergomi (758). Sam Zanetti ma na swoim koncie 700 występów (stan na 22 maja 2010).
27 września 2006 roku w meczu przeciwko Bayernowi Monachium Zanetti wystąpił po raz 500. w barwach drużyny Nerazzurich, natomiast 24 września 2008 w meczu przeciwko US Lecce Zanetti mógł świętować swój 600. występ w zespole Interu Mediolan
22 maja 2010 roku wraz z Interem wygrał Ligę Mistrzów, pokonując w finale Bayern Monachium. Był to jego 700. mecz w klubie.
Oglądanie go w akcji, to jak jedzenie halibuta na złocistej plaży, popijanego zimnym piwem prosto z beczki przy dźwiękach chilloutowej muzyki - przyjemność w najczystszej postaci. Przyjemność zarezerwowana dla nielicznych. Zarezerwowana tylko dla wybranych kibiców, dla kibicowskiej arystokracji. Dla kibiców pełną gębą, dostrzegających to, czego zwykły fan dostrzec nie potrafi.
Kiedy w zespół wkrada się nerwowość, gdy dwóch obrońców atakowanych przez czterech napastników traci głowę i nie wie, co zrobić z piłką, do akcji wkracza Traktor. Zabiera kolegom z zespołu piłkę jak małym dzieciom i wybiega z nią ze stoickim spokojem mijając jak pachołki osłupiałych rywali. Jak trzeba, to czterech, a jak to za mało, to oszuka jeszcze dwóch kolejnych. Albo ilu będzie trzeba. Potrafi wtargnąć w największy kocioł i wyjaśnić wszystko w mgnieniu oka. I nikt nie ma najmniejszych szans na zabranie mu piłki, bo mimo, że nie korzysta z wymyślnych sztuczek i efektownych dryblingów, prowadzi ją po mistrzowsku.
Javier Zanetti pokazuje, że sztuka prowadzenia piłki, a sztuka dryblingu to dwie zupełnie inne konkurencje. Tę pierwszą opanował do perfekcji.
U większości piłkarzy na świecie szczyt formy przypada tuż przez trzydziestymi urodzinami. Il Capitano swoją formę poprawia z roku na rok i odnosi się wrażenie, że gdyby mógł grać do 60. roku życia (co w jego przypadku wcale nie jest wykluczone), to mając siódmy krzyżyk na karku formę osiągnął by życiową. Choć ciężko wyobrazić sobie lepszą, niż prezentuje teraz. Gdy ma piłkę przy nodze, zwyczajnie nie sposób mu jej odebrać. Gdy jego uda, nazywane największymi w piłkarskim świecie, otaczają piłkę, nikt nie jest w stanie się do niej dobrać. Prowadzący piłkę Argentyńczyk wygląda, jakby miał między nogami ołowiany worek z piłką w środku, do której jedynym sposobem przedostania się jest użycie palnika lub raczej bomby atomowej.
Mimo, że jest prawdziwym terminatorem, paradoksalnie nie bez powodu uchodzi za jednego z największych dżentelmenów na boisku. Czerwonych kartek nie ogląda prawie nigdy, żółte tylko incydentalnie. W ciągu ostatnich kilku lat opuścił zaledwie jeden ligowy mecz z powodu ich nadmiaru. Nie ma prawdopodobnie na świecie drugiego zawodnika grającego na jego pozycji z takim osiągnięciem.
Co jest jednak najbardziej niewiarygodne w przypadku kapitana Interu, to jego absolutna odporność na kontuzje. Gdyby wbić mu w nogę nóż, prawdopodobnie zamiast krwi, wyleciałyby z niej śrubki. Żona Argentyńczyka spytana o tajemnicę długowieczności męża stwierdziła, że ten jest patologicznym śpiochem. Podobno potrafi zasnąć niemal na stojąco, gdy tylko nadarzy się do tego choćby ćwierć okazji. A gdy zaśnie, nie obudzi go nawet dziecko skaczące mu po brzuchu.
Choć asysty zalicza incydentalnie, a gole strzela rzadziej, niż niejeden bramkarz, od 15 lat żaden z bardzo wielu kolejnych trenerów nerazurrich nie potrafi sobie wyobrazić składu bez niego. Z jego gry bije taka pewność siebie i charyzma, że trudno to sobie wyobrazić nie obejrzywszy go w akcji na żywo.
Szacunek, jaki wzbudza u kibiców, jest trudny do ogarnięcia. Fani skoczyli by za nim w ogień, a każdy, kto odważy się powiedzieć o nim cokolwiek, co mogłoby zabrzmieć choćby w ułamku niepochlebnie, natychmiast jest besztany na internetowych forach i serwisach społecznościowych.
Javier Zanetti to żywy pomnik i legenda klubu, jeszcze w trakcie kariery czczona na równi z Giacinto Facchettim, czy Giuseppe Meazzą. W 2014 roku Argentyńczyk zakończył karierę. Było to bolesne zarówno dla niego, jak i dla kibiców. Obecnie pełni funkcję wiceprezydenta Interu.
Najwięcej występów dla Interu: 856
Najbardziej utytułowany zawodnik w historii Interu: 16 pucharów
Najwięcej występów w reprezentacji Argentyny: 145
Najwięcej występów w Serie A pośród zagranicznych graczy: 613
Zawodnik Interu znajwiększą ilością występów w Serie A, Superpucharze i rozgrywkach UEFA
Najwięcej występów w UEFA Champions League pośród zawodników Interu: 105
Najwięcej występów z rzędu w Serie A z Interu: 137
Najstarszy zawodnik strzelający gola na Mistrzostwach Świata: 37 lat 127 dni
Najwięcej występów w derbach Mediolanu pośród zawodników Interu: 47
Najwięcej występów w Champions League jako kapitan: 82
Najstarszy zawodnik zagraniczny grający mecz w Serie A: Inter - Napoli, 26 kwietnia 2014, miał wówczas 40 lat i 259 dni