Brazylia
Przed transferem do Mediolanu, spektakularnie został okrzyknięty mianem następcy Maicona, który był wtedy jednym z najlepszych cofniętych prawych skrzydłowych na świecie, być może nawet najlepszym. Tymczasem, jego piłkarskie początki we Włoszech były bynajmniej ciężkie...
Zakupiony przez Inter przed jednym z najgorszych od lat sezonów tego klubu - 2011/2012. Do kadry Nerazzurich dołączył 13 lipca 2011 roku, swój debiut zaliczając w przegranym z Palermo 3:4 spotkaniu ligowym (11 wrzesień 2011). Co prawda nie miał znaczącego wkładu w słabą postawę Interu w owym czarnym sezonie, jednak w 6 rozegranych wtedy spotkaniach nie był w stanie sprostać presji oraz oczekiwaniom, jakie w nim pokładano. Z drugiej strony, Jonathan nie wyróżniał się również słabą grą – na tle kiepsko dysponowanego zespołu wypadał dosyć przeciętnie. Nie było jednak mowy o tym, aby wygryźć ze składu bardziej doświadczonego Il Colosso. Prawdopodobnie dlatego, drugą połowę sezonu spędził na wypożyczeniu w Parmie, gdzie zdobywał cenne doświadczenie w, jakże wymagającej, włoskiej Serie A. Regularne i dobre występy na wypożyczeniu poskutkowały tym, że trener Andrea Stramacchioni postanowił uwzględnić Brazylijczyka w planach na sezon 2012/2013, zwłaszcza w perspektywie sprzedaży Douglasa Maicona.
Swoją piłkarską przygodę zaczynał w 2000 roku w brazylijskim Cruzeiro Belo Horizonte, którego jest wychowankiem. Pięć lat później, w tym samym klubie, rozpoczął grę jako zawodowy piłkarz. W pierwszym sezonie zanotował 19 występów, a rok później razem z drużyną zdobył mistrzostwo stanu Minas Gerais. Sukces ten powtarzał z Cruzeiro jeszcze dwukrotnie (rok 08 i 09). W 2007 roku zdołał na stałe wgryźć się do pierwszej drużyny. Z całą pewnością można stwierdzić, że jego sportowy rozwój w Brazylii przebiegał niemal wzorowo. W 2009 miał duży wpływ na zdobycie przez swój zespół czwartego miejsca w lidze, co osiągnął strzelając 3 gole i wylądował w Prêmio Craque do Brasileirão czyli najlepszej jedenastce sezonu. Rok później zdobył wicemistrzostwo kraju, jednak był to jego ostatni rok w barwach Cruzeiro. Jego następnym klubem stał się Santos, z którym w 2011 zdobył Campeonato Paulista, czyli mistrzostwo stanu São Paulo oraz Copa Libertadores. W lipcu stał się już piłkarzem ekipy z Mediolanu, podpisując 4-letni kontrakt.
Piłkarz ten osiągnął jeszcze jeden, dosyć istotny dla każdego sportowca sukces. W 2003 roku, kiedy był jeszcze reprezentantem drużyny narodowej Brazylii U-17, zdobył z nią Mistrzostwo Świata, w finale pokonując Hiszpanię. Turniej był wówczas rozgrywany w Finlandii, a Jonathan zagrał we wszystkich spotkaniach.
Ostatni sezon w Interze był dla niego bardzo nieudany. Problemy zdrowotne ciągnęły się za nim przez długie miesiące i nie pozostały obojętne na formę Brazylijczyka, który w sezonie 2014-2015 rozegrał tylko 5 spotkań. Wraz z zakończeniem sezonu wygasł jego kontrakt i klub nie zdecydował się na jego przedłużenie, tym samym przygoda Jonathana z Interem dobiegła końca.