Pereira to piłkarz urodzony w Montevideo, w Urugwaju. Jest cenionym lewym obrońcą z całkiem sporym bagażem doświadczeń, mimo skończonych dopiero 27 lat.
Karierę zaczynał w Miramar Misiones, którego jest wychowankiem. Po dwóch latach gry jako dorosły piłkarz w Urugwaju, przeniósł się w 2005 roku do argentyńskiego Quilmes Atlético Club, z którym dwa lata później spadł do drugiej ligi. Wtedy zmienił klub na Argentinos Juniors.
W 2008 roku za 2,5 mln € trafił do rumuńskiego Cluj, gdzie wystąpił we wszystkich meczach w przeciągu jednego sezonu. Rok po tym transferze Pereira przyjął ofertę gry dla Porto. W portugalskiej ekipie nie miał łatwego zadania, musiał zastąpić uznanego Aly'ego Cissokho, który wcześniej zamienił Estadio do Dragao na Stade de Gerland.
Urugwajczyk doskonale jednak podołał temu wyzwaniu, szybko zyskując szacunek i sympatię fanów. Pobyt Pereiry w Porto dobiegł końca pod koniec sierpnia 2012 roku. Po bocznego obrońcę z powodzeniem zgłosił się włoski Inter, który zapłacił za niego ponad 10 milionów €. Zawodnik z pewnością będzie bardzo miło wspominał swoją przygodę z portugalskim futbolem. W ciągu trzech lat w Porto, wygrał z tym klubem dwukrotnie krajowy puchar i ligę, trzykrotnie Superpuchar Portugalii i jednokrotnie Ligę Europejską.
Wystawiany najczęściej na lewej obronie Alvaro, to także etatowy reprezentant La Celeste. Piłkarz Interu grywa w kadrze od 2008 roku. Wystąpił w prawie 50 meczach.
20 stycznia 2014 roku, został wypożyczony na 18 miesięcy do Sao Paulo z opcją pierwokupu za 7 milionów euro.