Brazylia
Juan Guilherme Nunes Jesus na świat przyszedł 10 czerwca 1991 roku w Belo Horizonte w Brazylii. W 2007 roku, po przygodzie z futsalem związał się z brazylijskim Internacional. Zadebiutował w 2010 roku, wygrywając Copa Libertadores.
30 stycznia 2012 roku, brazylijski obrońca stał się oficjalnie zawodnikiem Interu Mediolan. W koszulce La Beneamaty, po raz pierwszy na murawie pojawił się 13 maja, zastępując Diego Milito w ostatniej minucie spotkania z Lazio.
Sezon 2012/13 rozpoczął już jako zawodnik podstawowej jedenastki w ustawieniu 3-5-2, obok Waltera Samuela i Andrei Ranocchi. Juan ma też na koncie kilka występów w pierwszej reprezentacji Canarinhos. Do debiutu stopera doszło 26 maja. Zagrał pełne 90 minut w towarzyskim meczu z Danią.
W kwietniu 2014 roku zawodnik doznał groźnej kontuzji więzadeł w kolanie, z powodu której zakończył przedwcześnie swój udział w sezonie 2013-2014 i rozpoczął długą rehabilitację.
14 lipca 2016 roku został wypożyczony do AS Roma z opcją definitywnego transferu.