Portugalski pomocnik Interu Mediolan, członek tak zwanej "portugalskiej złotej generacji". Występował na pozycji defensywnego pomocnika. Do Interu trafił w 1998 roku z Borussi Dortmund. Wcześniej występował w Benfice i Sportingu Lizbona, nim przeniósł się do Włoch, do Juventusu Turyn.
W Mediolanie pojawił się w czasie styczniowego okna transferowego. Wówczas trenerem był Luigi Simoni. W kolejnym sezonie w Interze dochodziło do wielu zmian na stanowisku trenera. Z klubem pożegnał się Simoni, potem pracowali Castellini, Hodgson, Lucescu i Simoni. Problemy w klubie Paulo Sousy rozpoczęły się w momencie, kiedy otwarcie skrytykował Mirceę Lucescu, że piłkarze nie wiedzą jak mają grać. Do tego zawodnika nękały liczne kontuzje.
Po niecałych trzech sezonach w czasie których Sousa grał niewiele, odszedł do Parmy.