Franco Pancheri to wychowanek Interu. Zanim jednak zadebiutował w tym klubie, został wypożyczony do Como. Po powrocie do stolicy Lombardii przez 2 sezony zagrał w 43 meczach Interu i strzelił jedną bramkę. W sezonie 1979/80 mógł cieszyć się ze zdobycia Scudetto. W 1981 roku przeniósł się do Udinese.