Fausto Pizzi to wychowanek Interu, jednak pierwsze lata swojej kariery spędził na wypożyczeniach. W Interze przyszło mu zedebiutować dopiero w rozgrywkach 1990/91. Ostatecznie w swoim macierzystym klubie spędził 2 sezony rozgrywając 55 spotkań i 6 razy wpisując się na listę strzelców. W 1991 roku sięgnął po Puchar UEFA.