Niemal całe swoje piłkarskie życie zadedykował Interowi. Tutaj rozpoczęła się jego piłkarska kariera, podczas której udało mu się aż 559 razy założyć koszulkę Interu w oficjalnym meczu, dzięki czemu znajduje się w czołówce graczy Interu w historii pod względem ilości występów. Jego brat Franco grał w drużynie lokalnego rywala Interu - AC Milan.
Baresi od 1997 roku pracuje w Interze w roli trenera, zaczynał od sekcji młodzieżowych, by następnie piąć się w górę po szczeblach trenerskiej kariery. Póki co nie było mu dane zostać 1. trenerem Interu, ale sprawował już funkcję asystenta u Jose Mourinho, Leonardo, Gasperiniego i Ranieriego, Stramaccioniego i Mazzarego.
Włochy