Bonazzoli to "produkt" Akademii Interu. Urodził się dokładnie 21 maja 1997 roku w Manerbio. Zadebiutował w pierwszej drużynie Interu Mediolan 4 grudnia 2013 roku w meczu Pucharu Włoch przeciwko Trapani Calcio. Miał wówczas 16 lat, 6 miesięcy i 14 dni. Najmłodszy debiutant w historii Interu.
Młody napastnik grał w kilku sekcjach młodzieżowych. W reprezentacji U-17 Włoch zadebiutował w meczu Włochy 1-0 Albania. W sumie ma na koncie 11 występów, 3 bramki (stan. na 4.12.2013). Z reprezentacją doszedł aż do finału Mistrzostw Europy U-17. W finale drużyna Italii przegrała w karnych z Rosją.
W meczu Serie A miał okazję zadebiutować podczas ostatniego meczu sezonu 2013-2014 przeciwko Chievo Verona na wyjeździe. Wszedł na boisko na ostatnie 8 minut za Rubena Bottę.
Na boisku występuje na pozycji środkowego napastnika, jest lewonożny.
W sezonie 2014-2015 młody Włoch nie otrzymywał zbyt wielu szans na grę od Waltera Mazzariego i Roberto Manciniego. Rozegrał w sumie 5 spotkań, nie udało mu się trafić ani razu do siatki rywali.
30 stycznia Inter sprzedał Bonazzolego do Sampdorii wraz z Alfredem Duncanem za kwotę 10 milionów euro. Inter zawarł jednak w umowie klauzulę, na mocy której będzie mógł odkupić Federico w ciągu najbliższych 3 lat, gdyby jego talent nagle eksplodował.