Zárate trafił do Interu z Lazio Rzym na zasadzie rocznego wypożyczenia. Karierę zaczynał w Velez Sarsfield skąd w 2007 roku został wykupiony przez szejków z Al Sadd za ponad 20 milionów euro. Tam jednak długo nie zagrzał miejsca, bowiem wkrótce wypożyczony został do Birmingham City skąd następnie trafił do Lazio i w pierwszym sezonie gry zrobił furorę w Serie A.
Po rocznym wypożyczeniu do Interu, po sezonie 2011-2012 Inter nie postanowił wykupić go z Lazio.