Starszy z braci Paganin trafił do Interu przed rozgrywkami 1990/91 z Udinese Calcio. Natychmiast wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie. W Mediolanie występował przez kolejnych 5 sezonów, zdobywając w tym czasie dwukrotnie Puchar UEFA. Ostatecznie jego licznik zatrzymał się na 142 występach i jednej bramce. W latach 1993-95 Antonio występował wspólnie ze swoim młodszym bratem Massimo.