Goran Pandev swoją przygodę z Interem zaczął już w 2001 roku. Został wypatrzony przez skautów Interu, którzy postanowili zaproponować mu grę w zespole Primavery Interu. Stamtąd jednak był wypożyczany najpierw do Spezii a nastęnie do Ancony. W 2004 roku przeszedł do Lazio i tam dopiero jego kariera nabrała tempa. W zespole z Rzymu spędził w sumie 6 sezonów, rozegrał 159 spotkań ligowych i zdobył 48 bramek. Końcówka jego przygody z Lazio nie była udana. Macedoński napastnik chciał zmienić klub i przejść do Interu, to nie spodobało się władzom klubu, popadł więc w konflikt, który zakończył się odsunięciem go od zespołu. Pod koniec 2009 roku udało mu się rozwiązać kontakt i na początku stycznia 2010 roku podpisał kontrakt z Interem, gdzie w końcu mógł zadebiutować, gdyż podczas pierwszego pobytu nie zagrał w ani jednym oficjalnym meczu Interu. Z Interem zdobył Mistrzostwo Włoch, Puchar Włoch, Ligę Mistrzów, Superpuchar Włoch oraz Klubowe Mistrzostwo Świata.
W styczniu 2012 roku został wypożyczony do Napoli, a po sezonie wykupiony przez klub z Neapolu.