W 1993 roku Massimo Paganin przechodząc z Bresci do Interu, dołączył do swojego starszego brata Antonio. Razem występowali w Mediolanie przez 2 sezony. Paganin w Nerazzurrich rozegrał łącznie 151 spotkań i strzelił 2 bramki. W sezonie 1993/94 zdobył z klubem Puchar UEFA. W 1997 roku przeniósł się do Bologny.