W Interze występował przez 6 sezonów (1990-96), będąc podstawowym pomocnikiem. Rozegrał 160 oficjalnych meczów i strzelił 16 bramek. W sezonie 1993/94 świętował zdobycie Pucharu UEFA. W 1996 roku przeniósł się do Bolognii. Z tą drużyną w 1998 roku zdobył Puchar Intertoto. Co ciekawe, starszy z braci Fontolan - Silvano, również występował w Interze, jednak zdecydowanie z mniejszymi sukcesami.