Argentyna
Świetny technicznie ofensywnie usposobiony pomocnik. Znany jest z dobrego dryblingu i podań, wystawiany najczęściej jako ofensywny pomocnik, chociaż na początku swojej kariery częściej grywał jako defensywny pomocnik.
Argentyńczyk w wieku dwunastu lat dołączył do juniorskiej sekcji drużyny Boca Juniors. Klub z Buenos Aires w 2007 roku zakontraktował go do zespołu seniorów. W ciągu jednego sezonu rozegrał w nim 28 spotkań. Rok później wyjechał do Europy.
Pierwszym europejskim klubem, w którego szeregi wszedł Banega była Valencia, do której trafił 5 stycznia 2008 roku. Sezon 2008/09 spędził w Atletico Madryt, do którego został wypożyczony. Następnie wrócił do Valencii, z którą współpracował do 2014 roku. 31 stycznia 2014 roku został wypożyczony do Newell's Old Boys. Po pół roku gry w Argentynie wrócił do Hiszpanii, by tym razem zasilić szeregi Sevilli. Pobyt w tym mieście może uznać za udany, bowiem z tą ekipą dwukrotnie sięgnął po Ligę Europy w 2015 i 2016 roku, grając u boku m.in. Grzegorza Krychowiaka.
6 lipca 2016 roku podpisał kontrakt z Interem Mediolan do 30 czerwca 2019 roku.
Po zaledwie jednym sezonie na Stadio Giuseppe Meazza zawodnik zdecydował się na powrót do Hiszpanii i ponowne reprezentowanie barw Sevilli. Inter zarobił na tej transakcji 9 mln euro.
Sukcesy:
Zdobywca Copa Libertadores (Boca Juniors - 2006/07)
Mistrzostwo Świata U-20 (Argentyna - 2007)
Zdobywca Pucharu Hiszpanii (Valencia - 2007/08)
Dwukrotny zdobywca Ligi Europy (Sevilla - 2014/15 i 2015/16)
Złoty medalista Igrzysk Olimpijskich (Argentyna - 2008/09)