Belgia
Zawodnik urodził się 4 maja 1988 roku w Antwerpii. Matka jest Belgijką, natomiast ojciec pochodzi z Indonezji. Radja od wczesnych lat dzielił z ojcem pasję do piłki nożnej. Przygodę z piłką rozpoczął od lokalnej Tubantia Borgerhout. W 2000 roku przeniósł się do akademii młodzieżowej Germinal Beerschot, gdzie pozostał do 2005 roku. Wtedy został zauważony przez wysłanników włoskiej Piacenzy.
Kolejnym piłkarskim etapem Radji było przeniesienie się do Serie B, gdzie rozpoczął grę we wspomnianej Piacenzie. W dniu 28 maja 2006 roku, zawodnik zadebiutował dla klubu z Emilili, który wówczas był trenowany przez Giuseppe Iachiniego. Piacenza przegrała tamten mecz z Arezzo wynikiem 2 - 3. Podczas swojej kariery w Biancorossi, Nainggolan zaliczył 74 występu i zdobył cztery gole, stając się jednym z najbardziej perspektywicznych graczy tamtejszej ligi.
W styczniu 2010 roku gracz zrobił duży krok w swojej piłkarskiej karierze, przenosząc się do grającego w Serie A zespołu Cagliari. 7 lutego po raz pierwszy zadebiutował na najwyższym szczeblu ligi włoskiej. Piłkarski poziom Belga wzrastał z meczu na mecz, a zawodnik szybko stawał się filarem pomocy zespołu Rossoblu, w którym przebywał przez 4 lata swojej kariery. Podczas pobytu w zespole prowadzonym swego czasu przez Massimiliano Allegriego, gracz wystąpił w 137 meczach, strzelając w nich siedem bramek.
Pod koniec styczniowego okna transferowego, w roku 2014, zawodnik przeniósł się do stołecznej Romy. Belg stał się zawodnikiem jednego z największych włoskich zespołów i szybko został kluczową postacią w zespole prowadzonym przez Rudiego Garcię. Eksplozja jego talentu nastąpiła po objęciu drużyny przez Luciano Spalettiego w 2016 roku. Pod skrzydłami toskanskiego trenera, zawodnik stał się kompletnym pomocnikiem, ponieważ był w stanie grać na dowolnej pozycji w środku pola rzymskiego zespołu. W zespole z Rzymu zagrał w 213 spotkaniach, strzelił 33 gole we wszystkich rozgrywkach.
W reprezentacji Belgii, Radja przeszedł przez wszystkie szczeble reprezentacyjnej kariery. W pierwszej drużynie zadebiutował 29 maja 2009 roku. Ogólnie wystąpił w 30 spotkaniach w barwach Czerwonych Diabłów, zdobywając w nich 6 bramek.
Teraz, w momencie osiągnięcia najwyższej piłkarskiej dojrzałości, nadszedł czas, aby zawodnik podszedł do nowego i wymagającego wyzwania, jakim jest gra w koszulce drużyny Interu.
Pomimo niezłego sezonu w barwach czarno-niebieskich, Nainggolan nie znalazł się w planach klubu na kolejną kampanię i został oficjalnie wystawiony na sprzedaż.
5 sierpnia 2019 roku Belg został wypożyczony na rok do Cagliari Calcio. Pomimo dobrego sezonu na Sardynii, kluby nie dogadały się w kwestiach finansowych i Nainggolan powrócił do Mediolanu. Belg nie potrafił jednak przekonać do siebie Antonio Conte i zimą ponownie udał się na wypożyczenie do ukochanego Cagliari.
Latem 2021 roku Inter przedwcześnie rozwiązał umowę z piłkarzem za porozumieniem stron.