Był jednym z najlepszych obrońców jakich Inter miał w swoich szeregach. Jego przydomek Il Muro (Mur) mówi sam za siebie. Gdy jest zdrowy i w formie, jest zaporą nie do przejścia nawet dla najlepszych napastników. W 2010 roku razem z Lucio stworzył niezapomniany duet środkowych obrońców, który zapewnił Interowi bezpieczeństwo w tyle podczas zdobycia potrójnej korony.
Samuel nim trafił do Interu występował w Newells Old Boys, Boca Juniors, AS Romie i Realu Madryt. Właśnie w Rzymie zyskał renomę czołowego obrońcy świata co zaowocowało transferem do Hiszpanii. Tam jednak nie wiodło mu się specjalnie dobrze i w 2005 roku przeniósł się do ekipy Nerazzurrich gdzie grał najdłużej w swojej karierze.
Jako środkowego obrońcę cechowała go wielka siła fizyczna, słynął z twardej i bezkompromisowej gry oraz dobrej gry głową, co wykorzystywał w pojedynkach główkowych w swoim polu karnym, jak również rywala, dzięki czemu udało mu się skompletować 17 bramek dla Interu.
W ekipie Nerazzurrich należał do grupy tzw. "Senatorów" razem z Javierem Zanettim, Estebanem Cambiasso i Diego Milito. Ostatnie sezony jego pobytu w Interze obarczone były licznymi mniej lub bardziej groźnymi urazami.
Wraz z wygaśnięciem kontraktu, odszedł z Interu po zakończeniu sezonu 2013-2014.
- Nienawidzę tracić bramek, nawet na treningach. Nigdy nie potrafiłem przyzwyczaić się do widoku pilki w naszej siatce. Nie cierpię tego. Takiego podejścia nauczyłem się od Carlosa Bianchiego, który był moim pierwszym mistrzem. Marcelo Bielsa za to, jak nikt inny nauczył mnie poruszania się w obronie. - mówił
W Interze spędził w sumie 9 sezonów podczas których wygrał:
3 Puchary Włoch
4 Superpuchary Włoch
5 Mistrzostw Włoch
1 Champions League
1 Klubowe Mistrzostwo Świata